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MKL 的坑与教训
背景
为了加速c++,不可避免的需要使用矩阵运算库。最出名的、一般人用的最多的c++矩阵计算库可能是Eigen,从统计处我知道了Armadillo用的也不少。但说到底,python那些包用的最多的也许最后还是MKL。
MKL全称 Intel Math Kernel Library, 是由Intel 公司开发的,专门用于矩阵计算的库。这个库经过我自己的评测,性能远超 Eigen 和Armadillo,毕竟Eigen 和Armadillo属于开源库,下载方便,但功能其实远不够完善。MKL其实不算免费使用的库,学生可以申请,之所以重新开始写这篇文章,正是因为一年前,我申请的linsence过期了。逼于无奈,我必须另辟蹊径,重新安装和配置这个库。过期的根本原因是MKL的特殊编译器icc过期,但本身MKL的库是可以下只含有MKL部分的版本,方法是选择单独下载 Intel® Math Kernel Library,这里需要下载对应系统的MKL文件,当注册之后,Intel会自动发送可用的lisense到邮箱,这里就不做展示。于我而言,为了方便本地测试,和服务器运行代码,我既配置了MAC的版本也配置了linux的版本,MAC版本的配置相对简单,下载dmg文件后,根据提示安装即可。
使用parallel_studio的配置要稍显简单,只需要在得到license之后,按照安装步骤来即可,麻烦的是得到安装软件的license。只有短期需求时,比较推荐的做法是注册学生账号,以学生身份使用并安装parallel_stduio,结果也许会是license的过期,那时若对MKL仍抱有好感,只需重读此文即可。
编译和配置
安装完成后,会有产生目录:/opt/intel/,一般会有下面几个重要的文件夹:
compilers_and_libraries
compilers_and_libraries_20XX
compilers_and_libraries_20XX.X.XXX
mkl
这些就是MKL安装和链接的库和关键。为了在g++编译的时候找到这些库的位置并连接上,需要使用以下的语句:
source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
这些语句应在编译前输入,也可以写到启动命令行时就会加载的文件里,例如.bashrc 、 .bash_profile、.zshrc,其作用是,将MKL的环境变量的路径通通加入环境中。这一点在MAC或者是在Ubuntu上都是一致的。这里intel64是作为链接的目标目录,选项有intel64和ia32,想必是与系统是多少位有关,这个参数除了看两个.sh文件和报错以外,也可以通过看对应bin目录相邻的lib目录了解。通常会有的各种库没链接上的原因,都有对应的undifine,没链接上的库也就对应lib目录下的库,查找到对应的.so文件之后,自然可以联想到需要去找对应邻居的bin中是否会有引入环境变量的.sh文件,这是个人的一些经验,并不一定能解决问题,仅供参考。
解决完配置路径后,需要考虑的关键问题成为了如何写合适的g++命令,下面的g++链接命令是笔者参考许多博客,再三尝试之后,得到的可以编译mkl的方式,这里给出我工作中需要引入的头文件,核心头文件是mkl.h,它会引入许多的其他头文件,至于使用什么头文件需要参考MKL文档中需要使用的函数的介绍。这份文档绝对是进行MKL开发最合适的参考工具。唯一的缺点是例子比较少,对于矩阵计算不熟悉的同学比较难理解函数的参数。
#include <mkl_spblas.h>
#include <mkl.h>
对于使用icc编译器的用户来说,引用这一切只需要使用-lmkl,但放弃了icc,也就意味着自己链接库的事需要做的更多,甚至于引用的顺序也会决定了编译是否能通过。经过在下的测试,MAC 的g++命令与Ubuntu并不一致,而是如下:
这里的编译命令由于主要是靠“试”和“拼接博客”所凑出来的,所以有一些引用或许没有必要,特别是compilers_and_libraries_2019*这些链接,但本人并没有一个个删除进行测试,也许可以留给读者自测。这也是MAC命令和Ubuntu编译命令不一样的个人原因,MAC稍作堆砌,我便成功编译,所以有可能没有去处冗余的链接。
MAC
g++ test.cpp -o test.o -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/lib/intel64 -L/opt/intel/mkl/lib -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -I /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/mac/mkl/include -L /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/mac/mkl/lib -L /opt/intel/compilers_and_libraries_2019/mac/lib
Ubuntu
g++ main1.cpp -o test.o -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -L/opt/intel/mkl/lib -I /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/include -L /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/lib -L /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/lib -liomp5 -lpthread
Ubuntu上的编译测试花费我的时间远比MAC的尝试要多,其中经历了无数次的绝望,最后主要还是参考intel用户的issue中找到了蛛丝马迹,总结出了以上的编译方式。其中有的顺序是不可以搞错的,比如-liomp5 、-pthread,-liomp5必须在-pthread前,且最好后置,不能放在太前面。也许有的同学配置出错了,可以考虑尝试按照原理分析,交换一些引用的位置,这里也仅供参考,配置确实是一大难事,远比运行代码要麻烦。
例子
我测试使用的运行参考例子主要来自 链接https://software.intel.com/zh-cn/node/814751这里intel的问答也是我遇到问题并解决的一个关键性提醒和帮助,当同学测试时,也可以使用这里的例子,编译时,只需要加入以上的头文件和输入输出所对应的文件即可。用MKL的例子并不像其他数学库那么多,有能力写的人大多写在项目中,写成Release的版本供人使用即可,但直观性则降低了许多。
小结
至此,笔者简单介绍了安装MKL中的核心要点,但配置过程中并不仅仅只有以上的问题,由于参考资料比较少,遇到问题也很难从一个博客中找到答案,需要参考多一些文件,感兴趣使用MKL库的同学可以与我联系。总的来说,MKL算是c++中我遇到最复杂的数学运算库,但在使用过MKL之后,由于其在计算上无可媲美的速度优势,使人无法舍弃,编写MKL程序涉及到大量的指针操作,这也意味着编程难度的上升,与其带来的速度优势比较,这些困难也是可以克服的,只需要参考文档。接下来,我将立下flag,继续写一些关于MKL速度,或者进行矩阵计算的代码和分析。
参考资料
[1] https://software.intel.com/zh-cn/node/814751
[2] https://blog.csdn.net/yanerhao/article/details/82986924
[3] https://blog.csdn.net/thefighteran/article/details/54345070
[4] https://software.intel.com/en-us/download/developer-reference-for-intel-math-kernel-library-c
[5] https://software.intel.com/zh-cn/forums/intel-math-kernel-library/topic/302693